Ulteriori mutamenti, relativi a trasferimenti interni di residenze vescovili e acquisizioni territoriali si registrano nel corso di questo secolo: nel 1738 il vescovo di Boiano Domenicantonio Manfredi fissò la sua residenza a Campobasso, portandovi anche l’archivio e la cancelleria; nella seconda metà del secolo il vescovo dei marsi, Mattei, trasferì la sua residenza a Celano per il cattivo stato dell’episcopio di Pescina, mentre, a fine secolo, il vescovo di Teramo Pirelli poté reincorporare alla diocesi i territori di Mosciano, Notaresco e Morro d’Oro, dal 1530 al 1795 prelature nullius degli Acquaviva. Purtroppo negli anni 1798-1815 anche l’Abruzzo e il Molise sono funestati dall’invasione dei francesi giacobini. I noti volumi di Luigi Coppa-Zuccari sulla vita degli abruzzesi e molisani, tra le distruzioni e i crimini di questi anni, per l’odio feroce degli invasori verso le popolazioni cattoliche del Regno di Napoli, costituiscono il più notevole ed eloquente monumento. A L’Aquila i frati di san Bernardino da Siena (ventisette tra sacerdoti, fratelli laici e novizi e due canonici) vennero fucilati per aver preso le difese del popolo in armi contro l’invasore, che aveva profanato le reliquie di Celestino V e cercato quelle di san Bernardino da Siena per riservargli analogo trattamento. Fucilazioni e conseguente oltraggio dei cadaveri, saccheggi e imposizioni di forti contributi pecuniari, incendi di città e villaggi, distruzioni di chiese e monasteri, assieme alla risposta armata delle popolazioni fedeli ai Borboni e alla causa cattolica, si succedono a ripetizione da Teramo a Chieti a Ortona (ove vennero profanate la tomba e le reliquie di san Tommaso), Guardiagrele, Vasto, Sulmona (centro di raccolta e di cura dei francesi feriti e malati), Termoli, Ripalimosani ecc., mentre Isernia, se è risparmiata dalle fiamme a motivo della base militare costituitavi dai francesi, è però pillée et plus que décimée per la fiera opposizione armata all’invasore che all’Aquila aveva profanato le reliquie del suo «Santone »: il vescovo Michelangelo La Peruta e il canonico Iadopi furono arrestati e poco mancò che fossero passati per le armi.